Urodziła się w Warszawie. W latach 1995-2000 studiowała w pracowni prof. Grzegorza Kowalskiego na Wydziale Rzeźby warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych. Tworzy filmy wideo, rysunki, obiekty, instalacje, ilustracje dla prasy. Pisze teksty - publikowała w "Czereji" (piśmie wydawanym przez Artura Żmijewskiego), katalogach wystaw, prowadzi blog o podróżowaniu komunikacją miejską (autobus.blog.pl). Współpracuje z Fundacją Galerii Foksal. Mieszka i pracuje w Warszawie.

Wczesne prace Anny Niesterowicz opierały się na tematach zaczerpniętych z własnego życia, szczególnie z dzieciństwa. W filmach wideo często posługiwała się metodą found-footage. Jej pierwszy film GIEREK (2000) został zmontowany ze znalezionego w archiwum materiału dokumentującego wizytę Edwarda Gierka w przedszkolu artystki. Przedstawia propagandową scenę - spotkanie między pierwszym sekretarzem PZPR a Niesterowicz jako małą dziewczynką. Jak pisze Łukasz Ronduda, "sięgnięcie po ten, stanowiący część jej biografii, film pozwala artystce zanalizować relacje pomiędzy dwoma przenikającymi się wymiarami ludzkiego życia: prywatnym a publicznym".
Pracę dyplomową Anny Niesterowicz stanowiła instalacja wideo CIEMNOŚĆ I PLEŚŃ (2000). Tytuł zaczerpnięty został z opowiadania Stanisława Lema - jego głównym motywem była zmutowana bakteria, za sprawą której dojść może do zagłady świata (ciemność i pleśń były niezbędne do rozpoczęcia tego procesu). Instalacja odtwarzała rozmowę z wujem artystki - nałogowym alkoholikiem i "żulem", mieszkającym w domu, w którym ona spędziła dzieciństwo. Jak stwierdziła sama Niesterowicz,
"robię z tego mojego wstydu pracę dyplomową. Był dla mnie tematem tabu".
Stach Szabłowski określił pracę jako "rzecz z pogranicza prywatnej mitologii, reportażu społecznego i przypowieści o czającym się w człowieku zarodku samozniszczenia".
Na wystawie SEXXX w 2000 roku Niestrowicz wspólnie z Rafałem Grabowskim pokazali film DO KRWI OSTATNIEJ - nagranie ich stosunku seksualnego, w czasie którego artystce zaczyna lecieć krew z nosa.
"Zdecydował przypadek - skoro poszła mi krew z nosa uznaliśmy, że praca sama się zrobiła" - mówiła wówczas Niesterowicz.
Tryptyk wideo 07 ZGŁOŚ SIĘ z 2001 roku (BIERZE MNIE PAN?, JA W OGÓLE NIE MAM PRAWA JAZDY oraz ZRÓB JEJ TAK JAK W KINIE) oparty został na scenach wyciętych z popularnego w czasach PRL-u serialu kryminalnego o poruczniku Borewiczu - twardzielu i kobieciarzu. Jego przygody dziś wydają się absurdalne. Filmy Niesterowicz są dekonstrukcją zachowania i języka przewijających się w serialu.

W 2002 roku artystka sfilmowała zaplecze biurowe Centrum Sztuki Współczesnej Zamek Ujazdowski w Warszawie (NIEPRAWDZIWY ZAMEK), które jak się okazuje, bardziej przypomina zwykły urząd niż powszechne wyobrażenia o życiu instytucji kulturalnej. Niesterowicz uwydatniła tu kontrast między częścią otwartą dla publiczności a tym, co się za nią kryje. Podobnie na wystawę RZECZYWIŚCIE, MŁODZI SĄ REALISTAMI w tym samym roku artystka sfilmowała parę kuratorów CSW (Ewę Gorządek i Stacha Szabłowskiego) przy ich biurokratycznych obowiązkach.

Zainteresowania Niesterowicz przechodziły stopniowo od ujawniania sfery własnej prywatności i związanych z nią obszarów tabu do skupienia na problemie szeroko pojętego języka. Przejawia się ono zwłaszcza w jej rysunkach i wyszywanych prostym ściegiem makatkach.

W pracy ROSEBUD (2001) Niesterowicz stworzyła ślad po nieistniejącym neonie - słowie wypowiadanym przez głównego bohatera filmu Orsona Wellesa "Obywatel Kane", w którym funkcjonuje ono jako odległe wspomnienie z dzieciństwa (napis na saneczkach). Wideo HH (2002) dotyczy tworzenia się nowych kodów językowych, ukazuje "alfabet" kultury hip-hopowej, zarówno języka mówionego, jak i języka ciała. Z kolei kabałą i wirusologią inspirowana była oparta na ukrytym znaczeniu słów i znaków wystawa LOGICAL COOKING (2003) w Fundacji Galerii Foksal.

W 2005 roku na wieży przy wejściu do Bytomskiego Centrum Kultury Niesterowicz zainstalowała neon POLSKA CZĘŚĆ ŚLĄSKA - napis niejednoznaczny i mogący być różnorako odczytywany. Nawiązywał do skomplikowanej tożsamości Śląska, podkreślając złożoność relacji między kulturową odrębnością i państwową przynależnością, a także między historią i teraźniejszością.

Duchy z przeszłości powracały również na wystawie HAŃBA w 2006 roku w Fundacji Galerii Foksal w Warszawie. Artystka stworzyła na niej pomieszczenie wypełnione propagandowymi, skrajnie prawicowymi pismami z lat dwudziestych i trzydziestych, które zestawiła z antysemickimi głosami na współczesnych forach internetowych.