Młodszy brat malarza Józefa Czajkowskiego, naukę malarstwa rozpoczął u Wojciecha Gersona w Warszawie. Później, w latach 1896-1903 i 1906/1907, kształcił się w krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych pod kierunkiem Jacka Malczewskiego, Józefa Mehoffera, Leona Wyczółkowskiego i Jana Stanisławskiego, a następnie w Akademii monachijskiej (1903) i w paryskiej Académie Julian (1904-1906). Po studiach podróżował do Włoch, a powróciwszy do kraju odbywał liczne wycieczki malarskie po kraju, wyjeżdżając m.in. na Ukrainę. Lata 1914-1918 spędził w Holandii; malowane tam pejzaże prezentował na indywidualnych wystawach w Hadze, Amsterdamie i Rotterdamie. Po I wojnie światowej, jako asystent Tadeusza Pruszkowskiego, prowadził zajęcia plenerowe ze studentami warszawskiej Akademii Sztuk Pięknych, a w roku 1950 został profesorem tej uczelni. Był przede wszystkim pejzażystą, malował także rodzajowe sceny wiejskie i małomiasteczkowe.