Jest absolwentką Wydziału Malarstwa i Grafiki Akademii Sztuk Pięknych w Łodzi. W 1983 roku obroniła dyplom w Pracowni Drzeworytu pod kierunkiem profesora Andrzeja M. Bartczaka. Dwukrotnie otrzymała Stypendium Twórcze Ministerstwa Kultury i Sztuki. Zajmuje się malarstwem, rysunkiem, ceramiką, grafiką warsztatową i wydawniczą. W latach 1984-1986 pracowała w Przedsiębiorstwie Realizacji Filmów, m.in. brała udział przy realizacji kostiumów do filmu Krzysztofa Zanussiego Rok spokojnego słońca i przy scenografii do innych filmów fabularnych. Prace prezentowała na ponad dwudziestu wystawach indywidualnych m.in. w Kopenhadze, Wildeshausen, w Łodzi (Galeria Związku Polskich Artystów Plastyków,1986, Miejska Galeria Sztuki w Łodzi, Galeria Chimera, 1999, Galeria Tower Building, 2000) w Muzeum w Nieborowie i Arkadii, Oddział Muzeum Narodowego w Warszawie, 2006, w Galerii Sztuki Współczesnej BWA w Sandomierzu, 2008.

Prace Magdy Marcinkowskiej znajdują się w zbiorach Miejskiej Galerii Sztuki w Łodzi, Muzeum Historii Katowic, Muzeum w Nieborowie i Arkadii, kolekcji watykańskiej oraz w kolekcjach prywatnych, m.in. Antonio Samarancha, Pat i Michaela Yorka, Ewy Tuwim i księdza Jana Twardowskiego.